1. Ressources de calcul
Le nouveau cluster met à disposition quatre partitions Slurm : genoa (calcul CPU), hopper (calcul GPU), skylake (calcul CPU, anciens nœuds), kepler, pascal et volta (calcul GPU, anciens nœuds) et une partition de visualisation.
| Partition | Usage | Nœuds | Processeurs | Cœurs par nœud | Mémoire par nœud | GPU par nœud |
|---|---|---|---|---|---|---|
| genoa | Calcul CPU | 16 | AMD EPYC 9655 | 192 | 768 Go | — |
| hopper | Calcul GPU et gros besoins mémoire | 1 | AMD EPYC 9555 | 128 | 2 304 Go | 8 × NVIDIA H200 |
| visu02 | Visualisation | 1 | AMD EPYC 9555 | 128 | [à compléter] | [à compléter] |
| skylake | Calcul CPU (anciens nœuds de Rheticus) | Jusqu’à 158, au fil de la migration | Intel Xeon Gold 6142 | 32 | 192 Go | — |
| kepler | Calcul GPU (anciens nœuds de Rheticus) | 7 | Intel Xeon E5-2680 v3 | 24 | 320 Go | 2 × NVIDIA Tesla K80 (cartes bi-GPU, soit 4 GPU) |
| pascal | Calcul GPU (anciens nœuds de Rheticus) | 2 | Intel Xeon E5-2680 v4 | 28 | 320 Go | 2 × NVIDIA Tesla P100 |
| volta | Calcul GPU (anciens nœuds de Rheticus) | 5 | Intel Xeon Gold 5218 | 32 | 380 Go | 4 × NVIDIA Tesla V100 |
La partition skylake, la partition visu associée et les partitions GPU kepler, pascal et volta regroupent les anciens nœuds de Rheticus : ils y sont ajoutés progressivement, au fur et à mesure de leur migration.
Notez que vous voyez aussi la partition gpu qui est réservée aux projets MesoNET.
La partition est choisie à la soumission avec l’option --partition (ou -p) de Slurm, par exemple sbatch -p genoa job.sh.
2. Connexion
L’accès se fait en SSH sur la frontale hedy.mesocentre.univ-amu.fr. Le port d’accès est spécifié dans votre espace copernicus (https://mesocentre.univ-amu.fr/copernicus/login.html).
ssh -p <portssh> <identifiant>@hedy.mesocentre.univ-amu.fr
Pour éviter de préciser le port à chaque connexion, ajoutez dans ~/.ssh/config sur votre poste :
Host hedy
HostName hedy.mesocentre.univ-amu.fr
Port <portssh>
User <identifiant>
La connexion se fait alors avec ssh hedy. Les transferts utilisent le même port : scp -P <portssh> … (P majuscule) ou rsync -e "ssh -p <portssh>" ….
NB : la commande ssh-copy-id ne fonctionne pas : l’utilisation de l’interface copernicus est obligatoire pour l’ajout des clefs publiques ssh.
3. Espaces de stockage
Le scratch est un espace de travail temporaire ; les espaces de l’ancien Rheticus sont accessibles en lecture seule pour la récupération des données.
| Espace | Nature | Capacité | Accès | Usage |
|---|---|---|---|---|
/scratch |
BeeGFS sur NVMe, partagé par toutes les partitions | 450 To (quota 2 To/utilisateur) | Lecture et écriture | Données des calculs en cours uniquement ; soumis à la politique de la section 4 |
/home-reth |
Ancien home de Rheticus | — | Lecture seule | Récupération des données de l’ancien cluster |
/save-reth |
Ancien save de Rheticus | — | Lecture seule | Récupération des données de l’ancien cluster |
/home |
Nouveau home | quota : 500 Go/utilisateur 500 Go/projet |
Lecture et écriture | Données de l’utilisateur |
Aucune écriture n’est possible dans /home-reth et /save-reth : copiez les fichiers nécessaires à vos calculs. Le scratch ne doit pas servir à l’archivage ; les résultats à conserver doivent être rapatriés sur vos propres espaces de stockage.
4. Politique d’utilisation du scratch si l’occupation globale du scratch dépasse 60 %
Le scratch est réservé aux données des calculs en cours.
La politique suivante ne sera mise en place que :
- si l’occupation globale du scratch dépasse 60 %
- en attendant que nous mettions en place une offre de stockage (fin 2026, début 2027)
Pour qu’il ne serve pas d’espace de stockage, les cinq plus gros consommateurs sont identifiés chaque jour. Lorsque l’occupation globale du scratch dépasse 60 %, ils doivent réduire leur occupation de moitié sous 14 jours, faute de quoi toutes leurs données sur le scratch sont supprimées.
Cette politique a vocation à évoluer selon l’utilisation faite du scratch.
4.1 Relevé quotidien
- Chaque jour, le volume occupé sur le scratch par chaque utilisateur est mesuré (volume total des fichiers dont il est propriétaire), ainsi que le taux d’occupation global du scratch.
- Les utilisateurs sont classés par volume décroissant. Les cinq premiers constituent le « top 5 » du jour.
4.2 Notification
Lorsque le taux d’occupation global relevé est strictement supérieur à 60 %, tout utilisateur figurant dans le top 5 et qui n’est pas déjà en cours de procédure reçoit un avis par courriel, à l’adresse associée à son compte. Aucun avis n’est émis si l’occupation est inférieure ou égale à 60 %. Le jour de l’avis est noté J0. L’avis indique :
- le volume de référence V0, égal au volume mesuré lors du relevé de J0 ;
- le seuil à atteindre, égal à V0 / 2 ;
- la date d’échéance, égale à J0 + 14 jours.
4.3 Condition de levée
La procédure est close sans suppression si le volume occupé par l’utilisateur reste inférieur ou égal à V0 / 2 pendant au moins 72 heures consécutives, cette période étant entièrement comprise entre J0 et l’échéance.
- Tout dépassement du seuil pendant ces 72 heures remet le décompte à zéro.
- La réduction doit donc être effective au plus tard à J0 + 11 jours.
- Le respect de la condition est vérifié par des mesures effectuées [fréquence à compléter, par exemple toutes les heures].
4.4 Issue de la procédure
- Condition remplie : la procédure est close et l’utilisateur en est informé par courriel.
- Condition non remplie à l’échéance : l’ensemble des données de l’utilisateur sur le scratch est supprimé à J0 + 14 jours. Le scratch n’étant pas sauvegardé, ces données ne peuvent pas être récupérées.
4.5 Cas particuliers
- Sortir du top 5 pendant le délai de grâce ne met pas fin à la procédure, pas plus qu’une baisse de l’occupation globale du scratch sous 60 % : seule la condition de la section 4.3 la clôt.
- Un utilisateur en cours de procédure ne reçoit pas de nouvel avis ; V0 et l’échéance restent ceux de J0.
- Après clôture, toute nouvelle entrée dans le top 5 déclenche une nouvelle procédure complète, avec un nouveau V0 et un nouveau délai de 14 jours.
4.6 Exemple
Un utilisateur occupant 2 To est notifié le lundi 2 novembre (J0), jour où le scratch est occupé à 65 %. Son seuil est de 1 To et son échéance le lundi 16 novembre. S’il descend à 0,9 To le vendredi 6 novembre et y reste jusqu’au lundi 9 novembre à la même heure, la procédure est close. S’il ne descend sous 1 To que le samedi 14 novembre, les 72 heures ne peuvent pas s’achever avant l’échéance : ses données sont supprimées le 16 novembre.
Pour toute question : mesocentre-techn@univ-amu.fr