Installation DataLad

Objectif

Ce guide installe DataLad dans votre /home sur Hedy, en une quinzaine de minutes.
Ce qui sera installé (dans un dossier isolé ~/miniforge3) :

  • Miniforge : le gestionnaire de logiciels conda.
  • Un environnement datalad contenant Python 3.12, DataLad 1.6.5 et git-annex 10.20260717.

Prérequis

3 Go libres dans votre /home.

Installation

Connectez-vous à la frontale depuis votre machine :

ssh -p 8822 <votre_login>@hedy.mesocentre.univ-amu.fr

Copiez-collez ce bloc en entier dans le terminal de la frontale. Il prend environ 5 à 10 minutes.

 

cd ~ && \
VERSION=26.7.2-0 && \
FILE=Miniforge3-${VERSION}-Linux-x86_64.sh && \
wget https://github.com/conda-
forge/miniforge/releases/download/${VERSION}/${FILE} && \
echo "281b0ac7d550802efc81af633225a5e6116d29ae72f3ab4eae7168c3931a4c05
${FILE}" | sha256sum -c && \
bash ${FILE} –b -p $HOME/miniforge3 && \
source $HOME/miniforge3/bin/activate && \
conda create -n datalad -c conda-forge python=3.12 datalad=1.6.5 git-
annex=10.20260717 -y && \
conda activate datalad && \
datalad --version && \
git annex version | head -1 && \
rm -f ~/${FILE}

 

Ce que fait chaque étape :

  1. wget télécharge l’installateur de Miniforge (environ 120 Mo).
  2. sha256sum -c vérifie que le fichier est intact. Si la ligne n’affiche pas OK, tout s’arrête et rien n’est installé.
  3. bash … -b -p installe Miniforge dans ~/miniforge3.
  4. conda create crée l’environnement datalad avec les versions exactes. C’est l’étape la plus longue.
  5. Les deux commandes de version doivent afficher datalad 1.6.5 et git-annex version: 10.20260717….
  6. rm -f supprime l’installateur, devenu inutile.

Vérifier

Deux tests confirment que l’installation fonctionne : un sur la frontale, un sur un nœud de calcul. Chacun doit
afficher des lignes ok.
Sur la frontale

 

cd /tmp && \
datalad create test-dl && \
cd test-dl && \
dd if=/dev/urandom of=gros.bin bs=1M count=5 && \
datalad save -m "test" && \
git annex whereis gros.bin && \
cd ~ && chmod -R u+w /tmp/test-dl && rm -rf /tmp/test-dl

Utilisation au quotidien
À chaque nouvelle connexion, deux lignes activent DataLad :

source ~/miniforge3/bin/activate
conda activate datalad

Le préfixe (datalad) apparaît alors devant votre invite de commande. Pour en sortir :

conda deactivate.

Désinstaller

Tout est contenu dans quelques emplacements de votre /home. Vérifiez d’abord ce qui existe :

ls -d ~/miniforge3 ~/.conda ~/.condarc 2>/dev/null

Puis supprimez :

rm -rf ~/miniforge3 ~/.conda ~/.condarc

rm -rf ne demande pas de confirmation et ne passe pas par une corbeille : relisez la commande avant de valider. Vos
datasets DataLad ne sont pas touchés, seul le logiciel est supprimé.

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