Utiliser MVAPICH2

Le mésocentre propose l’utilisation de MVAPICH2 via les modules mvapich2 (GCC ou Intel).

Pour exécuter un calcul en MVAPICH2 il est conseillé de tenir compte des recommandations suivantes:

HOSTS=$(wc -l ${OAR_NODEFILE} | awk ‘{print $1}’)
mpiexec -launcher ssh -launcher-exec /usr/bin/oarsh -f ${OAR_NODEFILE} -iface ib0 -n ${HOSTS} ./app

Ou :

HOSTS=$(wc -l ${OAR_NODEFILE} | awk ‘{print $1}’)
mpiexec -launcher ssh -launcher-exec /softs/OAR/oarsh_with_ldlibrarypath_mpich.sh -f ${OAR_NODEFILE} -iface ib0 -n ${HOSTS} ./app

Si vous rencontrez des erreurs à la compilation avec MVAPICH2, vérifiez que vous utilisez le compilateur dédié au MPI. Dans le cas de Make, CMake… il est conseillé d’exporter CXX=mpic++, FC=mpif90 et CC=mpicc.

Cas particulier de la SMP

Dans le cas de la SMP, les communications peuvent être bloquées avec les modules « de base ». Il est alors vivement recommandé d’utiliser le module mvapich2/smp/intel/1.9a2. Puis de lancer l’application avec :

CPUS=$(wc -l ${OAR_NODEFILE} | awk ‘{print $1}’)
mpirun -n “${CPUS}” -machinefile ${OAR_NODEFILE} ./application