Utilisation du scratch

Le mésocentre met à disposition deux espaces de stockage temporaire dédiés au calcul. Ils sont accessibles depuis les frontales de connexion et les partitions skylake, dev, smp-opa, kepler, pascal, volta et visu.

Des copies de fichiers entre ces espaces de stockage ou entre l’un deux et /home sont possibles.

/scratch

Cette partition offre de bonnes performances de lecture/écriture sur disques et convient à tous types de calcul.

Un quota de 6To est automatiquement alloué aux utilisateurs à l’ouverture de leur compte d’accès au mésocentre.

Pour l’utiliser, aucune directive particulière n’est nécessaire.

Il s’agit d’un espace de stockage temporaire et le mésocentre ne garantit pas la pérennité des données.

Les données déposées sur cet espace sont supprimées lors de la clôture du compte utilisateur.

Pour des raisons de performances du système, il est demandé aux utilisateurs d’y conserver uniquement des données régulièrement sollicitées.

/scratchfast

Cette partition offre de très bonnes performances de lecture/écriture sur disques et est destinée aux applicatifs effectuant de nombreuses opérations de lecture/écriture sur fichiers.

Utilisation de la partition :

• Lors de la soumission du job, l’utilisateur doit spécifier l’espace disque requis par la directive #SBATCH -L scratchfast:nombre_de_Go (ex #SBATCH -L scratchfast:10 pour demander 10Go). Si l’espace disque sollicité n’est pas disponible, le job est placé en file d’attente. La sortie de la commande squeue indique alors Licenses dans la colonne NODELIST/REASON.
  Cet espace étant partagé, les demandes d’espace doivent rester parcimonieuses afin que tous puissent en profiter.

• Au démarrage du job, un répertoire temporaire de la forme /scratchfast/$SLURM_JOB_USER/$SLURM_JOB_ID/ est créé pour la durée du job.

• A l’issue du job, le répertoire est automatiquement supprimé ainsi que toutes les données qu’il contient. L’utilisateur doit donc effectuer une copie des données qu’il souhaite conserver avant la fin du job. S’il ne le fait pas ou que le job se termine avant que la commande de copie ne soit terminée (par exemple à cause d’un walltime trop petit), les données stockées dans le répertoire temporaire sont définitivement perdues.